1.主持国家重点基础研究发展计划（973计划）项目：《基于核酸的重大疾病诊断新策略和新技术研究》（2012年）
2.主持国家自然科学基金杰出青年基金：《生物有机化学》（2005年）
3.主持国家卫生部传染病重大专项：《艾滋病和病毒性肝炎等重大传染病防治科技重大专项（子课题）》（2012年）
4.主持国家自然科学基金委重大研究计划集成项目：《基于配体调控的核酸相关信号通路研究》（2013年）
5.主持国家自然科学基金重大研究计划重点项目：《小分子与核酸的相互识别和调控作用》（2015年）
6.主持国家自然科学基金重大研究计划重点项目：《基于化学小分子探针的信号转导过程研究》（2012年）
7.主持国家自然科学基金重大研究计划重点项目：《化学小分子探针对染色体端粒DNA结构、生物学活性及相关信号转导的干预和影响》（2009年）
8.主持国家自然科学基金面上项目：《修饰核酸对信号转导过程的影响研究》（2015年）
9.主持国家自然科学基金面上项目：《以四链核酸为靶标的抗肿瘤药物的设计,合成及生物活性研究》（2014年）
10.主持国家自然科学基金面上项目：《可诱导核酸交联剂的设计、合成及生物活性研究》(2011年)
11.主持国家自然科学基金面上项目：《以端粒酶为靶标的抗肿瘤候选药物设计合成及活性研究》（2010年
12.主持高等学校科技创新工程重大项目培育资金项目：《以核酸为靶目标的抗肿瘤药物分子的设计、合成及其活性研究》（2007年）
13.主持教育部《跨世纪优秀人才培养计划》基金